Arima Genomics met fin à son Programme d'accès anticipé et lance la plateforme Arima-HiC
Arima Genomics met fin à son Programme d'accès anticipé et lance la plateforme Arima-HiC
Arima Genomics, Inc.
Siddarth Selvaraj, 1-505-948-3116
PDG
sid@arimagenomics.com
Arima Genomics, Inc., une société de biotechnologie permettant aux chercheurs d'appliquer des informations sur la séquence et la structure génétiques de longue portée, à la compréhension de la santé, des maladies et de l'évolution des espèces, a annoncé aujourd'hui le lancement commercial complet de sa technologie Arima-HiC. Le kit de préparation d'échantillons Arima-HiC est un protocole simple et rapide de 6 heures, qui permet la détection d'interactions de longue portée de la chromatine et qui peut être utilisé dans plusieurs applications. Le lancement public met fin à un Programme d'accès anticipé, couronné de succès, et qui a apporté une preuve supplémentaire de la performance du produit, ainsi que des commentaires précieux de la part des clients ayant bénéficié de l'accès anticipé.
L'échelle limitée du Programme d'accès anticipé a permis à l'entreprise de travailler en étroite collaboration avec ses clients, si bien que des améliorations ont pu être apportées à l'offre Arima-HiC. « Nous sommes très satisfaits de notre kit Arima-HiC », a commenté Eileen Furlong, PhD, responsable de l'Unité de biologie du génome à l'EMBL. « Le protocole Arima-HiC est beaucoup plus rapide que le protocole utilisé précédemment par notre laboratoire. Dans l'ensemble, nous obtenons des données de meilleure qualité en fournissant moins d'efforts. » En réponse aux besoins des clients dont les études portent sur un nombre réduit d'échantillons, le kit Arima-HiC permet désormais aux chercheurs de générer des bibliothèques Hi-C de haute qualité à partir de moins de 100 000 cellules, selon l'application. « Nous sommes ravis de la facilité du flux de travail d'Arima-HiC et de l'amélioration de la qualité des données pour l'analyse des domaines topologiques et des boucles de chromatine », a déclaré Hiruy Meharena, PhD, chercheur postdoctoral au Massachusetts Institute of Technology. « La prise en charge étendue pour les études de faible envergure est une fonctionnalité importante, car elle permet aux chercheurs de procéder à une Hi-C sur des échantillons précieux, tels que des populations de cellules rares ou des échantillons cliniques auparavant exclus de l'analyse par Hi-C. »
Pour faciliter l'analyse des données, la société a collaboré avec des partenaires du monde universitaire de sorte à optimiser les outils open source déjà en place, notamment HiCUP et SALSA pour les données Arima-HiC. Ces outils exploitent des aspects uniques des données Arima-HiC, tels qu'une uniformité accrue de la couverture et un rapport signal/bruit de portée plus élevé, pour améliorer la conformation de la chromatine et l'analyse de l'assemblage génomique. Un tel engagement auprès de la communauté open source va continuer d'être un élément clé pour la société dans le cadre de ses efforts soutenus pour rationaliser et accélérer le flux de travail allant des échantillons aux résultats. La société poursuit également ses travaux avec des collaborateurs clés du monde universitaire sur des approches Hi-C ciblées, ainsi que le développement de flux de travail pour de nouvelles applications génomiques avec son partenaire industriel Agilent Technologies.
Les commentaires et les données générés par les clients ayant bénéficié de l'accès anticipé ont également joué un rôle important dans la validation ultérieure de la technologie Arima-HiC. Le premier jeu de données de la phase I du Vertebrate Genome Project utilisant la technologie Arima-HiC vient d'être publié. « Arima Genomics est un partenaire technologique intégral du consortium G10K et de la phase I du projet VGP », a confié Gene Myers PhD, membre du conseil de G10K, et directeur de l'Institut Max-Planck de biologie moléculaire et génétique, à Dresde. « Nous avons choisi Arima pour la phase I, en raison de la qualité de leurs données, dont témoigne leur capacité à générer des données reproductibles et de haute qualité en dépit de la variabilité en termes de qualité et de quantité d'échantillons. Les interactions génomiques de longue portée des données d'Arima-HiC constituent un élément essentiel de notre stratégie actuelle de génération d'assemblages de référence couvrant l'ensemble des chromosomes. »
Outre les assemblages génomiques de haute qualité, d'autres laboratoires ont démontré la capacité de détecter les boucles de chromatine et les domaines topologiquement associés (topologically associated domains, TAD) avec une confiance élevée et à une profondeur de séquençage considérablement réduite par rapport à d'autres méthodes. « La capacité des kits Arima-HiC à fournir une meilleure compréhension pour un coût de séquençage moindre va jouer un rôle clé, car elle va permettre à davantage de chercheurs de tirer parti de la technologie Hi-C et de comprendre la régulation des gènes dans le contexte tridimensionnel du génome », a ajouté Changhoon Kim, PhD, directeur de la technologie, chez Macrogen, Inc.
Dans le cadre de sa transition pour sortir de la phase d'accès anticipé, la société a étendu ses opérations pour rendre la technologie Arima-HiC facilement accessible aux chercheurs. En plus d'élargir son équipe de vente, elle a rationalisé son processus de commande, et amélioré son service client et de support. « Le lancement commercial du kit Arima-HiC marque une étape importante dans la mission de la société visant à accélérer la compréhension de la séquence et de la structure du génome », a confié pour sa part Siddarth Selvaraj, fondateur et PDG d'Arima Genomics. « Notre objectif pour la prochaine phase est de permettre aux chercheurs de mieux comprendre le génome en rendant la technologie Hi-C aussi accessible, abordable et facile à utiliser que possible. »
À propos d'Arima Genomics
Arima Genomics, Inc. est une société de biotechnologie qui vise à accélérer la compréhension de la séquence et de la structure du génome, et de son rôle dans la santé, la maladie et l'évolution des espèces. Pour en savoir plus, rendez-vous sur : www.arimagenomics.com.
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