Des chercheurs italiens identifient de nouvelles variantes genetiques du SARS-CoV-2 qui fournissent des indices sur l'epidemiologie du coronavirus
Les scientifiques indiquent que les premieres donnees, generees avec le nouveau panel de recherche NGS de Thermo Fisher Scientific, suggerent que le coronavirus est genetiquement stable, et pourrait augmenter l'efficacite des vaccins en cours de developpement
CARLSBAD, Californie, 25 mars 2020 /PRNewswire/ -- Deux equipes de chercheurs sur les maladies infectieuses en Italie declarent avoir analyse plus en detail le genome du SRAS-CoV-2 a partir d'echantillons acquis localement et genere des donnees precoces qui revelent un niveau de variabilite genetique suggerant que le genome du virus a propagation rapide est stable. Les resultats, developpes a l'aide d'un nouveau test de recherche de sequencage de nouvelle generation (next-generation sequencing (NGS)) de Thermo Fisher Scientific [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=1201706652&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D1004700273%26u%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.thermofisher.com%252Fus%252Fen%252Fhome.html%26a%3DThermo%2BFisher%2BScientific&a=%C2%A0Thermo+Fisher+Scientific+], augmentent la probabilite que les futurs vaccins contre les coronavirus puissent avoir un taux d'efficacite plus eleve et pourraient aider la communaute scientifique mondiale a mieux comprendre l'epidemiologie et la propagation de COVID-19.
Les deux equipes de recherche independante de l'Institut national des maladies infectieuses " Lazzaro Spallanzani " (IRCCS) a Rome et de la Division medico-legale du Departement des sciences biomedicales et de la sante publique (DSMSP) de l'hopital universitaire d'Ancone, ont sequence de multiples echantillons et identifie la presence de variantes genetiques par rapport au genome de reference original du coronavirus de Wuhan. Les virus qui mutent rapidement sur de courtes periodes rendent difficile le developpement de vaccins efficaces qui protegent les gens contre l'infection. Le faible nombre de variantes decouvertes dans les echantillons italiens deux mois apres le premier sequencage du virus en Chine suggere que le SRAS-CoV-2, qui a infecte plus de 64 000 personnes en Italie et 380 000 dans le monde, est un pathogene a mutation relativement lente. Les deux equipes italiennes ont effectue le travail de sequencage a l'aide du nouveau Ion AmpliSeq SARS-COV-2 Research Panel [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=2872727571&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D4203209827%26u%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.thermofisher.com%252Fus%252Fen%252Fhome%252Flife-science%252Fsequencing%252Fdna-sequencing%252Fmicrobial-sequencing%252Fmicrobial-identification-ion-torrent-next-generation-sequencing%252Fviral-typing%252Fcoronavirus-research.html%253Ficid%253DWB44102%26a%3DIon%2BAmpliSeq%2BSARS-COV-2%2BResearch%2BPanel&a=%C2%A0Ion+AmpliSeq+SARS-COV-2+Research+Panel+] de Thermo Fisher, qui offre un flux de travail de bout en bout de 24 heures.
" La capacite a traiter tres rapidement de multiples echantillons et a dechiffrer avec precision les changements cles dans le code genetique du virus sera cruciale pour permettre a la communaute scientifique mondiale de garder une longueur d'avance sur le SRAS-CoV-2 et de developper des strategies contre lui qui, au final, peuvent etre exploitees pour contribuer a resoudre la pandemie ", a declare le Dr Maria Rosaria Capobianchi, cheffe du departement de virologie a l'Institut national des maladies infectieuses Lazzaro Spallanzani, qui a ete le premier centre de recherche en Europe a generer des donnees de sequencage du genome entier du coronavirus sur la plateforme Ion Torrent NGS de Thermo Fisher. " Les genomes viraux sont dynamiques et ces donnees preliminaires necessitent d'autres analyses pour determiner la signification biologique des variantes genetiques et etudier la trajectoire evolutive du coronavirus. "
Le professeur Stefano Menzo, chef du service de virologie a l'hopital universitaire d'Ancone, a declare pour sa part : " Si nous avions etudie d'autres virus, nous aurions pu nous attendre a des dizaines de nouvelles mutations apres tant de cycles infectieux chez les patients. Nos donnees initiales montrent qu'il s'agit d'un virus a ARN tres stable, avec seulement cinq nouvelles variantes. Un virus dont le genome est stable est une bonne nouvelle pour le developpement de vaccins car il indique que l'efficacite des vaccins pourrait etre plus constante, potentiellement sur plusieurs annees. "
Les scientifiques comptent desormais d'analyser les donnees plus en detail a l'aide de la nouvelle solution d'analyse Ion SARS-CoV-2 de Thermo Fisher* pour l'annotation des variantes et l'assemblage de sequencage de consensus afin de mieux comprendre l'impact sur la gravite de la maladie, le mode de transmission et les etudes phylogenetiques. Le panel de recherche Ion AmpliSeq SARS-COV-2 est une solution NGS ciblee qui analyse l'ensemble du genome du SARS-CoV-2. Il fournit un flux de travail de bout en bout efficace et a haut debit pour surveiller l'evolution genomique, ce qui est crucial pendant une pandemie en evolution rapide. Le panel est optimise pour fonctionner sur les systemes Ion GeneStudio S5 [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=2740770017&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D131914313%26u%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.thermofisher.com%252Fus%252Fen%252Fhome%252Flife-science%252Fsequencing%252Fnext-generation-sequencing%252Fion-torrent-next-generation-sequencing-workflow%252Fion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence%252Fion-s5-ngs-targeted-sequencing.html%26a%3DIon%2BGeneStudio%2BS5%2BSystem&a=%C2%A0Ion+GeneStudio+S5].*
L'optimisation des panels pour le systeme Genexus est en cours
Dans le but d'accelerer l'analyse NGS du SARS-CoV-2 et de repondre a la demande croissante des clients, Thermo Fisher a commence a optimiser le panel de recherche Ion AmpliSeq SARS-COV-2 pour le systeme Ion Torrent Genexus [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=2121161789&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D3875417891%26u%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.thermofisher.com%252Fus%252Fen%252Fhome%252Fproducts-and-services%252Fpromotions%252Flife-science%252Fion-torrent-genexus-system.html%26a%3DIon%2BTorrent%2BGenexus%2BSystem&a=syst%C3%A8me+Ion+Torrent+Genexus]. * Lancee en novembre 2019 [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=813695423&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D3290122420%26u%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.prnewswire.com%252Fnews-releases%252Fthermo-fisher-scientific-introduces-first-next-generation-sequencing-platform-that-delivers-specimen-to-report-in-a-single-day-300951867.html%26a%3DLaunched%2Bin%2BNovember%2B2019&a=%C2%A0Lanc%C3%A9e+en+novembre+2019], la toute nouvelle plateforme de sequencage de la societe automatise l'ensemble du flux de travail NGS cible et peut fournir des echantillons et produire des rapports economiques dans un delai de 14 heures. L'optimisation et la validation du panel de recherche sur le systeme Genexus est en cours en collaboration avec des clients de Thermo Fisher.
" La reponse immediate de Thermo Fisher qui etait de developper d'abord un test diagnostique** PCR SARS-CoV-2 et maintenant une solution de recherche de sequencage de nouvelle generation pour aider les clients a enqueter sur le coronavirus est au coeur de notre mission ", a declare Peter Silvester, vice-president directeur et president des Solutions de science de la vie chez Thermo Fisher Scientific. " Nous partageons l'inquietude croissante de la communaute mondiale durant cette crise de sante publique sans precedent et, pour cette raison, nous continuons de maximiser nos efforts pour fournir a nos partenaires de laboratoire, aux chercheurs en maladies infectieuses et aux developpeurs de vaccins les outils les plus avances pour soutenir leur tres importants travaux. "
A propos de Thermo Fisher Scientific
Thermo Fisher Scientific Inc. est le leader mondial au service de la science dont le chiffre d'affaires annuel depasse 25 milliards USD. Notre mission est de permettre a nos clients de rendre le monde plus sain, plus propre et plus sur. Que nos clients accelerent la recherche en sciences de la vie, resolvent des defis analytiques complexes, ameliorent les diagnostics et les therapies des patients ou augmentent la productivite dans leurs laboratoires, nous sommes la pour les soutenir. Notre equipe mondiale de plus de 75 000 collaborateurs fournit une combinaison inegalee de technologies innovantes, de facilite d'achat et de services pharmaceutiques par le biais de nos marques leaders du secteur, Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific, Unity Lab Services et Patheon. Pour en savoir plus, rendez-vous sur www.thermofisher.com [https://c212.net/c/link/?t=0&l=fr&o=2760093-1&h=1356691770&u=https%3A%2F%2Fc212.net%2Fc%2Flink%2F%3Ft%3D0%26l%3Den%26o%3D2760093-1%26h%3D2932570410%26u%3Dhttp%253A%252F%252Fwww.thermofisher.com%252F%26a%3Dwww.thermofisher.com&a=www.thermofisher.com].
* Usage exclusivement reserve a la recherche. Ne pas utiliser a des fins diagnostiques.
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