Applied Biosystems annonce un programme de premier accès pour sa plate-forme de séquençage nouvelle génération
Applied Biosystems (NYSE:ABI), entreprise du groupe Applera
Corporation, a annoncé le lancement du programme de premier accès pour
son système de séquençage d'ADN nouvelle génération. La société a
indiqué avoir livré les premières unités de son système SOLiD(TM) aux
plus grandes institutions de recherche, dont l'université de Stanford
et a commencé à accepter des commandes d'autres clients.
La plate-forme SOLiD, fondée sur le séquençage par ligature et détection d'oligonucléotides, est un système Applied Biosystems nouvelle génération pour l'analyse d'ADN à très haut débit. Contrairement aux approches de séquençage de la polymérase, le système SOLiD utilise une technologie brevetée appelée ligature par étape, qui génère des données de haute qualité pour des applications telles que le séquençage d'un génome entier, le séquençage médical, le génotypage, l'expression de gènes et la découverte de petits ARN.
La technologie de séquençage nouvelle génération promet d'étendre les applications des informations génomiques en recherche médicale et dans le domaine des soins de santé, de réduire le coût du séquençage d'ADN sans sacrifier à la qualité et de permettre des découvertes susceptibles de révolutionner la pratique de la médecine.
Applied Biosystems a fait l'acquisition auprès d'Agencourt Personal Genomics, de technologie prototype pour le séquençage nouvelle génération en juillet 2006 et a rapidement mis au point le système SOLiD. En moins d'un an, Applied Biosystems a multiplié par cinq le débit d'échantillons et a augmenté de 66 pour cent la longueur de lecture des bases, pour en faire un système qui devrait accélérer les progrès de la recherche médicale, des soins de santé et d'autres applications des sciences de la vie.
Applied Biosystems développe des applications pour le système SOLiD en collaboration avec les plus grands instituts de recherche et les plus grandes universités telles que l'université de Stanford, le Broad Institute, le Wellcome Trust Sanger Institute, le Baylor College of Medicine, le Joint Genome Institute, l'université de Queensland (Australie) et l'université de Washington entre autres. Ce processus de développement a donné naissance à l'une des plate-formes de séquençage nouvelle génération ultra haut débit les plus perfectionnées. Le système SOLiD se distingue par les caractéristiques techniques suivantes :
-- Le système SOLiD est équipé du codage base 2, mécanisme breveté qui interroge chaque base deux fois à la recherche d'erreurs durant le séquençage. L'application des règles de codage base 2 au cours de l'analyse supprime les erreurs de mesure, d'où l'obtention de données séquentielles d'une grande exactitude.
-- Le système SOLiD peut générer plus d'une gigabase de données utiles par passage, ce qui en fait l'un des systèmes de séquençage nouvelle génération à plus haut débit. Une gigabase est une mesure équivalente à un tiers du génome humain qui contient 3 milliards de bases d'ADN.
-- La grande exactitude du système SOLiD, combinée à l'analyse des paires de bases, permet la détection de la variation des séquences notamment les SNP (polymorphismes nucléotidiques), les variations de numéro de la copie du gène, les duplications, inversions, insertions et suppressions de base unique. La préparation d'échantillons de paires de bases est une méthode qui permet un assemblage très précis des séquences, requis pour l'analyse de génomes complexes, tels que le génome humain, celui de la souris et d'autres organismes modèles. Combinée à une grande exactitude, l'analyse des paires de bases offre aux scientifiques un système flexible qui réalise une grande variété d'applications différentes, y compris des études d'expression de gènes en vue de la détection de gènes faiblement exprimés, qui sont invisibles sur les puces d'hybridation.
-- Le système SOLiD est conçu pour fonctionner avec les futures applications de séquençage d'ADN. Adaptable à l'enrichissement en billes magnétique, la plate-forme SOLiD peut être adaptée pour prendre en charge une densité supérieure de séquences par préparation microscopique. Ceci offre l'infrastructure nécessaire à la réalisation d'études plus complexes du génome au fur et à mesure qu'elles sont entreprises.
« Nous avons progressé rapidement dans la mise au point du système SOLiD, dont nous pensions qu'il avait la meilleure viabilité commerciale parmi plus de 40 technologies de séquençage nouvelle génération évaluées par nos services », a déclaré Mark P. Stevenson, président de la division biologie moléculaire et cellulaire d'Applied Biosystems. « Nous allons continuer à travailler avec nos clients et nos collaborateurs pour affiner davantage le système et mettre au point une large gamme d'applications pour ce qui, selon nous, deviendra la plate-forme de prédilection de la communauté des sciences de la vie pour les projets d'analyse d'ADN aussi bien d'aujourd'hui que de demain. »
Les scientifiques de l'université de Stanford utilisent depuis un certain temps les résultats générés sur le système SOLiD afin de mieux comprendre les processus biologiques complexes. Le Dr Arend Sidow, PhD, professeur associé à l'école de médecine de Stanford, a analysé 282 mégabases de données séquentielles alignées générées par le système SOLiD. Le Dr Sidow a réussi à créer une cartographie haute résolution de positionnement du nucléosome chez le C. elegans (ver rond), organisme modèle dans l'étude des processus biologiques. L'emplacement des nucléosomes - unités d'ADN fortement enroulées sous forme de paquets - affecterait vraisemblablement l'expression du gène et donnerait un aperçu des importants mécanismes régulateurs tels que la transcription d'ADN.
« Je suis sûr que la technologie du système SOLiD a le potentiel nécessaire pour que d'importants et réels progrès technologiques voient le jour dans n'importe quelle application de séquençage destinée à comprendre les fonctions biologiques de génomes complexes, » a déclaré le Dr Sidow. « Après avoir évalué plusieurs technologies potentielles, nous avons hâte d'appliquer cette technologie à ultra haut débit à des projets tels que le reséquençage ciblé de gènes du cancer ainsi que d'autres sujets de recherche d'intérêt médical. »
Au cours d'un projet de séquençage microbien, le Dr George Weinstock, PhD, co-directeur du Centre de séquençage du génome humain au Baylor College of Medicine, a d'abord séquencé une souche d'Escherichia coli en utilisant les technologies de séquençage Sanger. Il a ensuite utilisé le système SOLiD pour reséquencer le génome afin de valider l'assemblage. Les données paires lues par le système SOLiD ont identifié une duplication importante qui n'avait pas été détectée dans l'assemblage des séquences Sanger.
« La technologie des paires de bases dans le système SOLiD, va nous permettre de générer des données séquentielles d'une grande exactitude pour les agents pathogènes et autres microbes de maladies infectieuses », a déclaré le Dr Weinstock. « Dans nos efforts futurs, nous allons continuer à mettre en corrélation les phénotypes avec des génotypes de bactéries possédant des génomes qui sont étroitement liés. Pour cette recherche, nous sommes dans l'attente de technologies de séquençage nouvelle génération capables d'identifier tous les types de variations génétiques pouvant avoir lieu entre des espèces différentes. »
Le Dr Elaine Mardis, PhD, directrice du développement technologique et co-directrice du Centre de séquençage du génome à l'école de médecine de l'université de Washington, est une experte en développement de technologies de séquençage d'ADN. On lui doit de nombreuses procédures et systèmes automatisés à haut débit actuellement utilisés au Centre de séquençage du génome.
« Nous sommes très enthousiastes à l'idée d'être un site de premier accès au système SOLiD d'Applied Biosystems », a déclaré le Dr Mardis. « Ce premier accès au système SOLiD va nous permettre d'évaluer cette plate-forme de séquençage nouvelle génération très importante et de développer des applications clés qui tirent parti des forces de ce système. Le premier accès à ce système va perpétuer notre relation longue et productive avec Applied Biosystems. »
Applied Biosystems est l'un des leaders mondiaux dans le développement et la commercialisation de systèmes, de consommables, de logiciels et de services à base d'instruments destinés au marché des sciences de la vie. La société a commercialisé la technologie qui a aidé les scientifiques à séquencer le génome humain. Grâce au développement du système SOLiD, Applied Biosystems conserve sa position de leader en séquençage d'ADN par la commercialisation de technologie qui aide les scientifiques à mieux comprendre et traiter les maladies, en fonction de l'information génomique. Vous trouverez davantage d'informations sur le système SOLiD sur le site http://solid.appliedbiosystems.com.
Pour plus d'informations, veuillez contacter : abdirect@eur.appliedbiosystems.com
http://europe.appliedbiosystems.com
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Usage exclusivement réservé à la recherche. Ne doit pas être utilisé dans des procédures de diagnostic.
Applera Corporation a pour mission de fournir aux chercheurs en sciences de la vie, la technologie et l'information les plus avancées au monde. Applera Corporation se compose d'Applied Biosystems et de Celera Genomics. Applera Corporation n'assume aucune obligation quant à la publication des résultats de révisions quelconques apportées à toute déclaration prévisionnelle faite ou induite dans ce communiqué, dans l'éventuel objectif de refléter des événements ou des circonstances après la date du présent document ou dans le but de refléter l'apparition d'événements non anticipés. Les déclarations contenues dans ce communiqué doivent donc être évaluées en conséquence.
AB (Design), ABI PRISM, Applied Biosystems, Applera et Celera sont des marques déposées et SOLiD est une marque de commerce d'Applera Corporation ou de ses filiales aux États-Unis et/ou dans certains autres pays.
La plate-forme SOLiD, fondée sur le séquençage par ligature et détection d'oligonucléotides, est un système Applied Biosystems nouvelle génération pour l'analyse d'ADN à très haut débit. Contrairement aux approches de séquençage de la polymérase, le système SOLiD utilise une technologie brevetée appelée ligature par étape, qui génère des données de haute qualité pour des applications telles que le séquençage d'un génome entier, le séquençage médical, le génotypage, l'expression de gènes et la découverte de petits ARN.
La technologie de séquençage nouvelle génération promet d'étendre les applications des informations génomiques en recherche médicale et dans le domaine des soins de santé, de réduire le coût du séquençage d'ADN sans sacrifier à la qualité et de permettre des découvertes susceptibles de révolutionner la pratique de la médecine.
Applied Biosystems a fait l'acquisition auprès d'Agencourt Personal Genomics, de technologie prototype pour le séquençage nouvelle génération en juillet 2006 et a rapidement mis au point le système SOLiD. En moins d'un an, Applied Biosystems a multiplié par cinq le débit d'échantillons et a augmenté de 66 pour cent la longueur de lecture des bases, pour en faire un système qui devrait accélérer les progrès de la recherche médicale, des soins de santé et d'autres applications des sciences de la vie.
Applied Biosystems développe des applications pour le système SOLiD en collaboration avec les plus grands instituts de recherche et les plus grandes universités telles que l'université de Stanford, le Broad Institute, le Wellcome Trust Sanger Institute, le Baylor College of Medicine, le Joint Genome Institute, l'université de Queensland (Australie) et l'université de Washington entre autres. Ce processus de développement a donné naissance à l'une des plate-formes de séquençage nouvelle génération ultra haut débit les plus perfectionnées. Le système SOLiD se distingue par les caractéristiques techniques suivantes :
-- Le système SOLiD est équipé du codage base 2, mécanisme breveté qui interroge chaque base deux fois à la recherche d'erreurs durant le séquençage. L'application des règles de codage base 2 au cours de l'analyse supprime les erreurs de mesure, d'où l'obtention de données séquentielles d'une grande exactitude.
-- Le système SOLiD peut générer plus d'une gigabase de données utiles par passage, ce qui en fait l'un des systèmes de séquençage nouvelle génération à plus haut débit. Une gigabase est une mesure équivalente à un tiers du génome humain qui contient 3 milliards de bases d'ADN.
-- La grande exactitude du système SOLiD, combinée à l'analyse des paires de bases, permet la détection de la variation des séquences notamment les SNP (polymorphismes nucléotidiques), les variations de numéro de la copie du gène, les duplications, inversions, insertions et suppressions de base unique. La préparation d'échantillons de paires de bases est une méthode qui permet un assemblage très précis des séquences, requis pour l'analyse de génomes complexes, tels que le génome humain, celui de la souris et d'autres organismes modèles. Combinée à une grande exactitude, l'analyse des paires de bases offre aux scientifiques un système flexible qui réalise une grande variété d'applications différentes, y compris des études d'expression de gènes en vue de la détection de gènes faiblement exprimés, qui sont invisibles sur les puces d'hybridation.
-- Le système SOLiD est conçu pour fonctionner avec les futures applications de séquençage d'ADN. Adaptable à l'enrichissement en billes magnétique, la plate-forme SOLiD peut être adaptée pour prendre en charge une densité supérieure de séquences par préparation microscopique. Ceci offre l'infrastructure nécessaire à la réalisation d'études plus complexes du génome au fur et à mesure qu'elles sont entreprises.
« Nous avons progressé rapidement dans la mise au point du système SOLiD, dont nous pensions qu'il avait la meilleure viabilité commerciale parmi plus de 40 technologies de séquençage nouvelle génération évaluées par nos services », a déclaré Mark P. Stevenson, président de la division biologie moléculaire et cellulaire d'Applied Biosystems. « Nous allons continuer à travailler avec nos clients et nos collaborateurs pour affiner davantage le système et mettre au point une large gamme d'applications pour ce qui, selon nous, deviendra la plate-forme de prédilection de la communauté des sciences de la vie pour les projets d'analyse d'ADN aussi bien d'aujourd'hui que de demain. »
Les scientifiques de l'université de Stanford utilisent depuis un certain temps les résultats générés sur le système SOLiD afin de mieux comprendre les processus biologiques complexes. Le Dr Arend Sidow, PhD, professeur associé à l'école de médecine de Stanford, a analysé 282 mégabases de données séquentielles alignées générées par le système SOLiD. Le Dr Sidow a réussi à créer une cartographie haute résolution de positionnement du nucléosome chez le C. elegans (ver rond), organisme modèle dans l'étude des processus biologiques. L'emplacement des nucléosomes - unités d'ADN fortement enroulées sous forme de paquets - affecterait vraisemblablement l'expression du gène et donnerait un aperçu des importants mécanismes régulateurs tels que la transcription d'ADN.
« Je suis sûr que la technologie du système SOLiD a le potentiel nécessaire pour que d'importants et réels progrès technologiques voient le jour dans n'importe quelle application de séquençage destinée à comprendre les fonctions biologiques de génomes complexes, » a déclaré le Dr Sidow. « Après avoir évalué plusieurs technologies potentielles, nous avons hâte d'appliquer cette technologie à ultra haut débit à des projets tels que le reséquençage ciblé de gènes du cancer ainsi que d'autres sujets de recherche d'intérêt médical. »
Au cours d'un projet de séquençage microbien, le Dr George Weinstock, PhD, co-directeur du Centre de séquençage du génome humain au Baylor College of Medicine, a d'abord séquencé une souche d'Escherichia coli en utilisant les technologies de séquençage Sanger. Il a ensuite utilisé le système SOLiD pour reséquencer le génome afin de valider l'assemblage. Les données paires lues par le système SOLiD ont identifié une duplication importante qui n'avait pas été détectée dans l'assemblage des séquences Sanger.
« La technologie des paires de bases dans le système SOLiD, va nous permettre de générer des données séquentielles d'une grande exactitude pour les agents pathogènes et autres microbes de maladies infectieuses », a déclaré le Dr Weinstock. « Dans nos efforts futurs, nous allons continuer à mettre en corrélation les phénotypes avec des génotypes de bactéries possédant des génomes qui sont étroitement liés. Pour cette recherche, nous sommes dans l'attente de technologies de séquençage nouvelle génération capables d'identifier tous les types de variations génétiques pouvant avoir lieu entre des espèces différentes. »
Le Dr Elaine Mardis, PhD, directrice du développement technologique et co-directrice du Centre de séquençage du génome à l'école de médecine de l'université de Washington, est une experte en développement de technologies de séquençage d'ADN. On lui doit de nombreuses procédures et systèmes automatisés à haut débit actuellement utilisés au Centre de séquençage du génome.
« Nous sommes très enthousiastes à l'idée d'être un site de premier accès au système SOLiD d'Applied Biosystems », a déclaré le Dr Mardis. « Ce premier accès au système SOLiD va nous permettre d'évaluer cette plate-forme de séquençage nouvelle génération très importante et de développer des applications clés qui tirent parti des forces de ce système. Le premier accès à ce système va perpétuer notre relation longue et productive avec Applied Biosystems. »
Applied Biosystems est l'un des leaders mondiaux dans le développement et la commercialisation de systèmes, de consommables, de logiciels et de services à base d'instruments destinés au marché des sciences de la vie. La société a commercialisé la technologie qui a aidé les scientifiques à séquencer le génome humain. Grâce au développement du système SOLiD, Applied Biosystems conserve sa position de leader en séquençage d'ADN par la commercialisation de technologie qui aide les scientifiques à mieux comprendre et traiter les maladies, en fonction de l'information génomique. Vous trouverez davantage d'informations sur le système SOLiD sur le site http://solid.appliedbiosystems.com.
Pour plus d'informations, veuillez contacter : abdirect@eur.appliedbiosystems.com
http://europe.appliedbiosystems.com
(C) 2007 Applera Corporation and MDS Inc. Tous droits réservés.
Usage exclusivement réservé à la recherche. Ne doit pas être utilisé dans des procédures de diagnostic.
Applera Corporation a pour mission de fournir aux chercheurs en sciences de la vie, la technologie et l'information les plus avancées au monde. Applera Corporation se compose d'Applied Biosystems et de Celera Genomics. Applera Corporation n'assume aucune obligation quant à la publication des résultats de révisions quelconques apportées à toute déclaration prévisionnelle faite ou induite dans ce communiqué, dans l'éventuel objectif de refléter des événements ou des circonstances après la date du présent document ou dans le but de refléter l'apparition d'événements non anticipés. Les déclarations contenues dans ce communiqué doivent donc être évaluées en conséquence.
AB (Design), ABI PRISM, Applied Biosystems, Applera et Celera sont des marques déposées et SOLiD est une marque de commerce d'Applera Corporation ou de ses filiales aux États-Unis et/ou dans certains autres pays.
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