Fluidigm et le Ludwig Institute for Cancer Research joignent leurs efforts pour mesurer l'expression de 900 gènes dans 96 échantillons en une seule semaine

Fluidigm a annoncé aujourd’hui que le bureau de São Paulo du Ludwig Institute for Cancer Research (LICR) international avait utilisé le système BioMark™ de la société pour effectuer une analyse à grande échelle caractérisant le « surfaceome » humain total (l’ensemble de gènes qui codent les protéines à la surface cellulaire) en ce qui a été pour eux un temps record. L’essai, qui exigeait jusque-là des mois de travail, a pris une seule semaine à l’équipe LICR dans le laboratoire de Fluidigm à South San Francisco.

« Je suis venu chez Fluidigm pendant une semaine dans le but d’analyser l’expression de 900 gènes dans 96 échantillons. J’ai tout d’abord pensé que la tâche était impossible… mais il s’est avéré qu’elle était tout à fait réalisable en utilisant les circuits fluidiques intégrés. Étonnant ! » a déclaré Julia Pinheiro Chagas da Cunha, PhD., du bureau de LICR à São Paulo, au Brésil. Les « dynamic arrays » de Fluidigm sont vraiment impressionnants. Avec moins de 100 microgrammes d’ARN et en seulement quelques heures, nous avons pu obtenir de bonnes données, ce qui rend l’analyse de l’expression génétique réalisable dans de petites quantités de tissu, telles que des biopsies. »

L’équipe LICR a utilisé des biopsies par aspiration tumorale d’échantillons du colon, du poumon, de la prostate et du sein (et des échantillons de contrôle) pour effectuer ses expériences. Grâce aux nouveaux « dynamic arrays » 96.96 de Fluidigm, le docteur da Cunha a pu traiter 55 000 points de données en une journée avec seulement quatre heures de travail « pratique ».

Gajus Worthington, le président-directeur général de Fluidigm, a remarqué que les travaux du Ludwig Institute of Cancer Research utilisaient actuellement les « dynamic arrays » 48.48 de la société. « Mais, avec nos tout nouveaux « dynamic arrays » 96.96, tous ces travaux d’expression génétique peuvent désormais être réalisés bien plus rapidement et quatre fois plus d’échantillons peuvent être terminés dans la même semaine à des coûts encore plus bas. »

Avec la disponibilité de la séquence du génome humain, ainsi qu’une grande quantité de données sur les gènes exprimés dans le cancer, LICR réalise plusieurs études visant à caractériser les gènes exprimés différentiellement dans le cancer. Sandro J. de Souza, Ph.D., du Ludwig Institute a fait le commentaire suivant : « Nous avons effectué une analyse à grande échelle pour caractériser le « surfaceome » humain total, intégré des données d’expression génétique à une base de connaissances « surfaceome », identifié des gènes candidats à exprimer différentiellement dans les glioblastomes et les tumeurs du colon et voulons valider certains de ces candidats en utilisant une stratégie qPCR à grande échelle. Les « dynamic arrays » 96.96 de Fluidigm vont jouer un rôle critique dans la phase qPCR de nos recherches. »

Le nouveau « dynamic array » 96.96 BioMark™ de Fluidigm est capable de réaliser 9216 expériences PCR simultanées en temps réel en effectuant des essais TaqMan® de mesure-étalon sur des quantités de l’ordre du nanolitre. Cette nouvelle génération de circuits fluidiques intégrés permet aux chercheurs des sciences de la vie d’atteindre de nouveaux niveaux de flexibilité et d’efficacité en termes de coûts et de logistique, ainsi que des niveaux optimisés de profilage à partir de quantités minuscules d’échantillons.

Par rapport aux systèmes à 384 puits, la norme du secteur, qui utilisent des volumes de réaction de 10 ul, les nouveaux « dynamic array » 96.96 de Fluidigm apportent des améliorations significatives en matière de productivité et d’efficacité.

• Un débit 24 fois supérieur : un « dynamic array » 96.96 donne 9 216 points de données parallèles, l’équivalent de vingt-quatre microplaques à 384 puits.
• 192 fois moins de mélange maître : 240 microlitres par rapport à 46 080 microlitres pour 9 216 réactions.
• Une réduction 96 fois supérieure de la complexité de la mise en place : le « dynamic array » 96.96 ne requiert que 192 étapes de pipetage pour 9 216 réactions par rapport à 18 432 étapes de pipetage pour un nombre équivalent d’expériences avec des microplaques.

À propos de Fluidigm

Fluidigm développe, fabrique et commercialise des systèmes IFC (Integrated Fluidic Circuit (circuit fluidique intégré)) exclusifs qui améliorent considérablement la productivité dans la recherche en sciences de la vie. Les IFC de Fluidigm permettent d’effectuer simultanément des milliers de mesures biochimiques sophistiquées sur une échelle volumétrique infime. Ces « circuits intégrés pour biologie » sont obtenus en miniaturisant et en intégrant des composants de manipulation liquides sur un seul dispositif microfabriqué. Les systèmes IFC de Fluidigm constitués d’instrumentation, de logiciels et de circuits IFC à usage unique, augmentent le débit, réduisent les coûts et améliorent la sensibilité, par rapport aux systèmes de laboratoire conventionnels. Les produits Fluidigm n’ont pas été homologués ni approuvés par la Food and Drug Administration pour être utilisés comme outil de diagnostic et ne sont disponibles que pour la recherche.

Pour en savoir plus, consultez le site www.Fluidigm.com.

Fluidigm, le logo Fluidigm, Topaz, BioMark, et NanoFlex sont des marques de commerce de Fluidigm Corporation.

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